Omessa dichiarazione IVA: come funziona la nuova liquidazione automatizzata

Dal 28 agosto 2026 l’Agenzia delle Entrate può liquidare l’IVA anche quando la dichiarazione annuale non è stata presentata. La ricostruzione può partire dai dati che l’amministrazione finanziaria già possiede: fatture elettroniche, corrispettivi trasmessi telematicamente, comunicazioni delle liquidazioni periodiche e versamenti effettuati.

Il provvedimento dell’Agenzia delle Entrate del 28 agosto 2026, protocollo n. 239129, ha definito le modalità operative del nuovo articolo 54-bis.1 del DPR 633/1972. Per imprese e professionisti non è soltanto una nuova procedura di recupero: è un sistema nel quale la qualità e la coerenza dei dati fiscali diventano decisive prima ancora di qualsiasi interlocuzione con l’ufficio.

Che cosa cambia con l’articolo 54-bis.1

La disposizione è stata introdotta dall’articolo 1, comma 111, della legge 30 dicembre 2025, n. 199. Si applica quando la dichiarazione annuale IVA è omessa e consente all’Agenzia di determinare l’imposta sulla base delle informazioni già disponibili nei propri sistemi.

Ai fini di questa procedura è considerata omessa anche la dichiarazione presentata senza i quadri necessari per liquidare l’imposta. La nuova liquidazione non va confusa con un accertamento ordinario: opera sulla base dei dati puntualmente individuati dalla legge e dal provvedimento, ma lascia impregiudicata l’ulteriore attività di controllo dell’amministrazione finanziaria.

Il termine entro il quale l’Agenzia può procedere è il 31 dicembre del settimo anno successivo a quello in cui la dichiarazione avrebbe dovuto essere presentata. È quindi più lungo del termine previsto per molti controlli automatizzati sulle dichiarazioni regolarmente trasmesse.

Quali dati può utilizzare l’Agenzia

La liquidazione tiene conto dell’IVA risultante dalle fatture elettroniche emesse e ricevute, dai corrispettivi inviati telematicamente, dalle comunicazioni delle liquidazioni periodiche e dai versamenti eseguiti. Il calcolo deve essere analitico: il contribuente deve poter comprendere quali informazioni sono state considerate e come si è formato l’importo richiesto.

Un limite importante riguarda il credito IVA risultante dalla dichiarazione dell’anno precedente, che non viene considerato nella liquidazione automatizzata. L’esclusione non significa necessariamente che il credito sia perduto, ma impedisce di darlo per acquisito all’interno di questo procedimento. La sua esistenza e utilizzabilità devono essere dimostrate nel modo appropriato, tenendo conto della situazione dichiarativa complessiva.

Proprio per questo il dato digitale non coincide sempre con il debito effettivo. Fatture duplicate o scartate, note di variazione, errate imputazioni temporali, versamenti non correttamente abbinati o operazioni sottoposte a regimi particolari possono richiedere una ricostruzione che non si esaurisce nella lettura del prospetto dell’Agenzia.

Come arriva la comunicazione

L’esito della liquidazione viene comunicato al domicilio digitale del contribuente. Per imprese e professionisti la trasmissione avviene normalmente via PEC all’indirizzo risultante dall’INI-PEC o a un diverso domicilio digitale speciale validamente eletto. Quando questo canale non è disponibile, il provvedimento prevede l’invio tramite raccomandata.

La comunicazione e il prospetto analitico sono inoltre resi disponibili nel cassetto fiscale, nella sezione “L’Agenzia scrive”. Il prospetto è il documento da esaminare per primo: permette di verificare origine, periodo e trattamento dei dati che hanno condotto alla liquidazione.

Le richieste di assistenza sono indirizzate, di regola, alla direzione provinciale competente in base al domicilio fiscale. Per i contribuenti di maggiori dimensioni individuati dal provvedimento — con volume d’affari, ricavi o compensi non inferiori a 100 milioni di euro — la competenza è della direzione regionale.

I 60 giorni per correggere o pagare

Dalla ricezione della comunicazione decorrono 60 giorni. Entro questo termine il contribuente può trasmettere dati ed elementi non considerati o valutati in modo errato, oppure pagare quanto richiesto.

La risposta non dovrebbe limitarsi a una contestazione generica. È necessario riconciliare le informazioni utilizzate dall’Agenzia con registri IVA, fatture, corrispettivi, LIPE, modelli F24, note di variazione e documentazione delle operazioni che richiedono un trattamento specifico. Ogni differenza deve essere spiegata e documentata.

Se l’Agenzia ricalcola gli importi sulla base degli elementi ricevuti, il termine di 60 giorni riparte dalla comunicazione definitiva. Questa seconda finestra consente di valutare il pagamento sull’importo rideterminato o le ulteriori iniziative compatibili con la posizione del contribuente.

Sanzioni, interessi e limiti al pagamento

La comunicazione comprende l’imposta liquidata, gli interessi calcolati al 4% annuo e la sanzione amministrativa del 120%. Se il pagamento avviene entro 60 giorni, la sanzione è ridotta a un terzo, quindi al 40%, e gli interessi sono dovuti nella misura del 3,5% annuo.

Per questa specifica procedura la legge esclude sia la compensazione prevista dall’articolo 17 del D.Lgs. 241/1997 sia la rateazione disciplinata dall’articolo 3-bis del D.Lgs. 462/1997. I codici tributo e le ulteriori istruzioni di pagamento saranno definiti con una successiva risoluzione dell’Agenzia delle Entrate: fino alla sua emanazione, è necessario distinguere le regole già vigenti dalle modalità tecniche ancora da completare.

La riduzione della sanzione rende rilevante il rispetto del termine, ma non deve spingere a pagare senza aver verificato il calcolo. Una ricostruzione errata può riguardare non soltanto singoli documenti, ma anche l’impostazione dell’intero periodo d’imposta.

Cosa accade se non si risponde

In assenza di pagamento, le somme sono iscritte direttamente a ruolo a titolo definitivo: imposta, sanzione nella misura piena e interessi. Anche in questa fase non è ammessa la compensazione.

La liquidazione automatizzata non chiude, però, ogni possibile controllo. La norma fa espressamente salva l’azione di accertamento dell’Agenzia. Se emergono operazioni non rappresentate nei flussi telematici, violazioni ulteriori o componenti che richiedono una valutazione diversa dalla mera elaborazione dei dati, l’amministrazione conserva i poteri previsti dall’ordinamento.

Quando la comunicazione presenta profili dubbi, l’interlocuzione iniziale può essere affiancata dagli strumenti del precontenzioso tributario pertinenti al caso concreto. Se la pretesa confluisce in un atto impugnabile, termini e strategia devono essere valutati secondo le regole del contenzioso tributario, senza confondere i diversi momenti della procedura.

Come preparare la risposta

La verifica dovrebbe partire da una domanda semplice: la dichiarazione è davvero omessa secondo la nuova definizione? Occorre poi ricostruire il periodo d’imposta senza assumere che il prospetto dell’Agenzia sia completo o, al contrario, che l’assenza della dichiarazione renda irrilevanti i dati già trasmessi.

Il lavoro efficace procede per riconciliazioni: documenti emessi e ricevuti, registrazioni contabili, LIPE, versamenti e informazioni disponibili nel cassetto fiscale. Le divergenze devono essere classificate distinguendo gli errori materiali dai temi interpretativi e dalle omissioni sostanziali. Solo dopo questa analisi è possibile decidere se produrre osservazioni, regolarizzare altri adempimenti collegati o pagare nei termini ridotti.

Per le imprese, la questione si collega più in generale alla gestione delle verifiche fiscali e degli accertamenti: la difesa è più solida quando il processo che ha generato i dati è ricostruibile e le responsabilità interne sono definite.

La qualità del dato diventa un controllo fiscale preventivo

La novità mostra con chiarezza come sta cambiando il rapporto tra contribuente e amministrazione. L’Agenzia non deve più attendere la dichiarazione per disporre di una parte consistente delle informazioni necessarie a ricostruire l’IVA. L’omissione, quindi, non crea un vuoto informativo: attiva un calcolo basato sulle tracce digitali già presenti.

Per le società questo rende ancora più importante il coordinamento tra amministrazione, consulenti e sistemi informatici. Fatture elettroniche, corrispettivi, LIPE, pagamenti e dichiarazione annuale non possono essere gestiti come flussi separati che si incontrano soltanto a fine esercizio. La coerenza tra questi dati è ormai parte del presidio fiscale dell’impresa.

Il nuovo articolo 54-bis.1 non sostituisce la dichiarazione né semplifica le conseguenze dell’omissione. Fa emergere, piuttosto, una regola pratica: quando il fisco può ricostruire automaticamente il debito, l’impresa deve essere in grado di ricostruire con la stessa precisione le ragioni di ogni differenza.

Fonti

• Agenzia delle Entrate, provvedimento 28 agosto 2026, protocollo n. 239129.
• Legge 30 dicembre 2025, n. 199, articolo 1, comma 111.
• DPR 26 ottobre 1972, n. 633, articolo 54-bis.1.